Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta pada Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, memimpinnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas terkemuka di Amerika, meskipun prestasi sekolahnya yang tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Rumah kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh dinas intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, tim debat, dan tim catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Dengan mencolok, selama masa ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
